Yên Mô có 3 km quốc lộ 1A chạy qua xã Mai Sơn, quốc lộ 12B chạy dài từ Kim Sơn qua trung tâm huyện nối với Tam Điệp và các tỉnh Tây Bắc. Trên địa bàn huyện cũng có 2 tỉnh lộ là 480 (nối quốc lộ 1A tới Tân Thành, Kim Sơn) và tỉnh lộ 480B (nối thị trấn Yên Thịnh tới xã Lai Thành, Kim Sơn).

Phía đông huyện Yên Mô là sông Vạc, chảy xuyên qua huyện là kênh Nhà Lê nối với các tỉnh Bắc Trung Bộ. Yên Mô còn có hệ thống hồ lớn như hồ Đồng Thái, hồ Yên Thắng mang lại nhiều giá trị.

Yên Mô có các chợ sau là được xếp hạng chợ loại 2, 3 ở Ninh Bình:Chợ Bến - Thôn Lam Sơn - Xã Khánh Thượng,Chợ Bút - Thôn Đông Sơn - Xã Yên Mạc,Chợ Chấp - Thôn Hưng Hiền - Xã Yên Mỹ, Chợ Lồng - Xã Yên Phong - Xã Yên Phong,Chợ Ngò - Phố Trung Yên Thị Trấn Yên Thịnh,Chợ Nuốn Khê - Thôn Nộn Khê - Xã Yên Từ, Chợ Tu - Xóm 1 - Xã Yên Thắng.

Theo Quyết định số: 2179/ QĐ-UBND ngày 17 tháng 9 năm 2007 của UBND tỉnh Ninh Bình V/v phê duyệt Quy hoạch giao thông đường thuỷ nội địa tỉnh Ninh Bình đến năm 2015 và định hướng phát triển đến năm 2020 thì Yên Mô có các cảng và các bến đò đường thủy sau:

• Cảng Bút: xã Yên Mạc huyện Yên Mô
• Cảng Lạc Hiền: xã Yên Phú, huyện Yên Mô
• Cảng Cầu Rào: xã Yên Phong, huyện Yên Mô
• Các bến cảng sông khác: bến Cầu Tràng, bến Đức Hậu, bến Phương Nại, bến Cầu Hội, bến Chợ Tu, bến Chợ Bến, bến cầu Ghềnh, bến cầu Lồng, Bến cầu Giang Khương, bến cầu Đằng, Bến Trinh Nữ, bến Khương Thượng.

Dưới đây là danh sách các bến đò ở Yên Mô: